Wentylacja jest istotnym czynnikiem wpływającym bezpośrednio poziom wylęgalności wśród piskląt. Na równi z wentylacją inkubatora, czy klujnika stawia się również wentylację pomieszczeń przchowujących jaja. Zapewnienie odpowiedniej cyrkulacji powietrza pozwala równomiernie rozprowadzać temperaturę po komorze inkubatora czy klujnika, a to ma zasadnicze wpływ na koćowy efekt lęgów.
Do utrzymania wentylacji na odpowiednim poziomie niezbędne są odpowiednie podzespoły zwłaszcza w inkubatorach z wymuszonym obiegiem.