Nie wszystkie jaja włożone do inkubatora się wylęgają. Jest bardzo prawdopodobne, że tylko 90% lub nawet mniej z inkubowanych jaj się wylęgnie. Oczywiście ryzyko to zmniejsza się, gdy stosuje się bardzo dobre inkubatory Inkubowanie jaj niezapłodnionych lub takich, w których zarodek zamarł jest procesem niepożądanym i dodatkowo wprowadza ryzyko zanieczyszczenia i zainfekowania inkubatora. Jaja prześwietla się w celu zidentyfikowania niezapłodnionych jaj bądź takich, w których rozwój zarodka się zatrzymał (zarodek zamarł).
Jajo prześwietlane przed włożeniem do inkubatora.
W świerzym jaju wkładanym do inkubatora nie widać nic szczególnego. Jaśniejsze plamy to nierówna struktura skorupy.


Prześwietlanie jaja polega na bezpośrednim oświetleniu jego skorupy mocnym, skupionym snopem światła. Daje to dość wyraźny (dla wprawnego hodowcy) obraz tego co dzieje się wewnątrz jaja. Do tego celu należy stosować lampi o specjalnej maksymalnie zimnej barwie światła. Z reguły lampy te mają końcówki o otworze wylotowym dopasowanym w ten sposób, aby możliwe było przyłożenie prześwietlarki bezpośrednio do skorupy. Tak, aby snop światła padał tylko do wnętrza jaja. Prześwietlanie jaj powinno się odbywać w maksymalnie zaciemnionym otoczeniu, aby łatwiej było obserwować zmiany zachodzące w treści jaja. Białe lub blade jaja prześwietla się łatwiej niż ciemne.

W celu prześwietlenia jaj należy je wyjąć z inkubatora. Chwilowe ochłodzenie jaj nie zaszkodzi zarodkom, gdyż jest to analogiczna sytuacja jaka ma miejsce w środowisku naturalnym. Wysiadujący jaja ptak od czasu do czasu schodzi z jaj na kilkanaście minut aby się pożywić lub gdy zostaje spłoszony z gniazda.
Większym zagrożeniem dla prześwietlanych jaj jest chwilowe ogrzanie ich rozgrzaną lampą. Podgrzanie jaja do temperatury wyższej niż 40oC zabija wszystkie zarodki.

Prześwietlane jajo zapłodnione
Prześwietlane zapłodnione jajo po 7 dniu inkubacji
Prawidłowy rozwój zarodka w jajku może być stwierdzona po 7 dniu inkubacji. Wówczas w prześwietlanym jajku zauważalne będzie przede wszystkim rozbudowana pajęczynka żyłek i rozwijających się naczyń krwionośnych. Zarodek widoczny jest jako ciemniejszych punkt w szerszym końcu jajka, podczas gdy naczynia krwionośne promieniują od tego punktu na wszystkie strony po całej powłoce żółtka. Z biegiem czasy punkt ten się powiększa, aż w dwa dni przed kluciem widać już tylko ciemną masę z dziobem wetkniętym w pęcherzyk powietrza. Jaja niezapłodnione będą jasno przepuszczać światło i niezauważalne będą żadne zmiany wewnątrz. Takie jaja należy usuwać z inkubatora.

Jednak jaja, które w początkowym okresie były zapłodnione i w których rozwój zarodka zapoczątkowany został pomyślnie, mogą również zamrzeć. Martwe zarodki czasami uwidaczniają się jako ciemny pierścień bądź ciemna rozmazana plama. Jest to rozlana krew. Zamarły zarodek nie rośnie a rozwinięty wcześniej system krwionośny zanika. Mimo wszystko jaj usuniętych z inkubatora nie należy od razu utylizować. Wszystkie przypadki niezapłodnienia czy zamarcia należy skrzętnie zanotować. Takie jaja mogą nieść wiele informacji o hodowli. Na ostateczny sukces inkubacji zależy od bardzo wielu czynników. Jeśli inkubowane jaja pozyskuje się z własnej hodowli, można na tym etapie wyłapać ewentualne błędy. Problemy z zamieralnością w minimalnym stopniu zależą od inkubatora (jeśli używa się inkubatorów markowych). Najczęściej związane są one z niewłaściwą dietą niosek, kogutów, niewłaściwym doborem stada rozpłodowego (niewłaściwy stosunek ilości kur do kogutów). Można też zauważyć wpływ czynników pogodowych na płodność jaj. Jeśli chów stada rozpłodowego utrzymywany jest w systemie indywidualnych rodzin, można zlokalizować chorą kurę lub koguta. Dzięki odpowiedniej kontroli i prześwietlaniu inkubowanych jaj wszystkie tego typu błędy można poprawić i zwiększyć skuteczność lęgów.